Vatnsvernd og sjálfbær nýting vatnsauðlindarinnar er krafa nútímans. ÍSOR býr yfir sérþekkingu á þessu sviði. ÍSOR hefur veitt ráðgjöf um grunnvatn og grunnvatnsrannsóknir fyrir vatnsveitur, fiskeldisstöðvar og fyrirtæki sem framleiða flöskuvatn.
ÍSOR kortleggur vatnafar, grunnvatnskerfi og grunnvatnsstrauma þar sem samspil yfirborðsvatns, jarðvatns og jarðmyndana er skilgreint. Vatnafarskort eru notuð við skipulag, umhverfismat, áætlanagerð og ýmsar framkvæmdir. ÍSOR metur einnig afkastagetu borholna og vatnsbóla og annast efnagreiningar á drykkjarvatni og öðru ferskvatni. ÍSOR hefur einnig reynslu af annars konar vatnsöflun og má í því sambandi nefna iðnaðarvatn, slökkvivatn, ylvatn og jarðsjó.